Фамилия Чорноготский — редкий случай, когда написание прямо указывает на географическое происхождение. Перед нами типичная фамилия на -ский, которая в славянской ономастике чаще всего связана с названием местности. Основа здесь — «Чорногот» или «Черногот». Первая часть, «чорно-» (или «черно-»), указывает на цвет: чёрный. Вторая часть, «-гот», гораздо интереснее. Она может восходить к названию балтийского племени готов (Черноготия — историческая область на юге Украины, где жили готы, смешавшиеся с местным населением). Но правдоподобнее, что это не этноним, а топографический термин: «гот» в некоторых западнорусских и польских говорах мог означать «лес», «чаща», «глухой овраг». Тогда «Чорногот» — это «чёрный лес» или «тёмная чаща», а Чорноготский — человек из такого места.

Словообразовательная модель проста: к топониму Чорноготы (или Чорногот) добавили суффикс -ский, который в XVI–XVII веках был характерен для шляхетских и дворянских фамилий в Речи Посполитой. Носитель такой фамилии мог быть выходцем из села или урочища с похожим названием. В современной Украине есть несколько населённых пунктов с корнем «Чорногот» (например, Черноготы в Винницкой области), что косвенно подтверждает версию.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от имени или прозвища отца, Чорноготский не говорит о прямом предке по мужской линии. Он скорее указывает на родовое гнездо или место, где предки получили землю. Это типичная «территориальная» фамилия, распространённая среди украинской и польской шляхты, а также среди крестьян, которых записывали по месту жительства при переписях. Из-за редкости фамилия почти не встречается в массовых базах данных, и её носители сегодня рассеяны по Украине и России. Спор о том, писать ли её через «е» или «о» (Черноготский или Чорноготский), решается просто: обе формы исторически равноправны, но вариант с «о» архаичнее и ближе к украинской фонетике.