Фамилия Чорня — редкий случай, когда географическое произношение напрямую закрепилось на письме. Это белорусская или западнорусская (смоленская, брянская) форма фамилии, которая в литературном русском языке выглядела бы как Черня. Разница в корне: «чорн-» вместо «черн-» — это не ошибка, а живое аканье и яканье, перешедшее в документ. В белорусском языке слово «чорны» значит «чёрный».

Основа фамилии — прозвище Чорня. В славянской традиции так могли назвать человека за тёмный цвет волос, смуглую кожу или за то, что он носил тёмную одежду. Суффикс «-я» в таких прозвищах (сравните: Худя, Миля, Гуля) придавал оттенок ласкательности или принадлежности. Позже это прозвище без дополнительных суффиксов застыло в роли фамилии. Такая модель — переосмысление прозвища напрямую в фамилию — характерна для украинской и белорусской ономастики, где окончание «-а» или «-я» часто сохраняется: Чорня, Кривоня, Смаля.

В отличие от массовых фамилий на «-ов» или «-ин», Чорня не указывает на прямую родственную связь («чей сын?»), а скорее фиксирует индивидуальную черту самого первого носителя. Это говорит о том, что фамилия могла сформироваться в среде, где крестьяне или мещане ещё не обзавелись патронимическими суффиксами, а пользовались уличным прозвищем как родовым именем. Встречается она преимущественно в западных областях России и в Беларуси, изредка — в восточной Польше.

Написание Чорня с буквой «ё» — вариант, который встречается в документах и переписях XIX — начала XX века. В современных паспортах фамилия может писаться и через «ё», и через «е», и даже как «Черня», если носители русифицировали её при переезде. Словарь Б. Унбегауна относит подобные формы к группе фамилий от цветовых признаков, но без отдельного разбора — слишком редкий случай.