Фамилия Чоткэ — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не связано с исконно русскими словообразовательными моделями. В фамилии нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусские корни. Скорее всего, перед нами фамилия, записанная на слух от представителя одного из тюркских или кавказских народов, где конечное -э или -а — частое окончание.

Основу фамилии можно связать с тюркским корнем «чот» или «чотка». В ряде тюркских языков (например, в гагаузском, карачаево-балкарском) слово «чот» означает «счёт», «число», а также «зарубка» или «метка». Отсюда «чоткэ» могло быть прозвищем человека, который вёл подсчёты, был писарем или сборщиком податей. Вторая версия — происхождение от тюркского «чот» в значении «грань», «край», что могло характеризовать жителя на окраине селения или человека с резкими чертами лица.

Нельзя исключать и молдавско-румынский след. В румынском языке есть слово «ciotcă» — «сук», «обрубок», «коряга». Прозвище Чоткэ могли дать человеку коренастому, невысокому или с изъяном вроде отсутствия пальца. Такие прозвища часто становились фамилиями в Бессарабии, где молдавский и русский языки переплетались веками.

Встречаемость фамилии Чоткэ крайне низкая. Основной ареал — юг России, Краснодарский край, а также Молдавия и Приднестровье. Носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами, но из-за редкости фамилии точных сословных данных нет. В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) эта фамилия не упоминается — она остаётся за пределами стандартного набора, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска.