Фамилия Чрепченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была особенно распространена на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко в изначальном значении указывал на «маленького» или «сына»: Чрепченко — «сын Чрепка» или «маленький Чрепок». Основа фамилии Чреп- происходит от прозвища Чреп, Чрепок, а оно восходит к древнерусскому слову «чрепъ» — «черепок, глиняный обломок, черепица». В говорах так могли называть горшечника, гончара или человека, занимавшегося изготовлением и продажей глиняной посуды. В переносном смысле прозвище Чреп мог получить и мастер по кровле черепицей.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным «чреп» в значении «старый, разбитый горшок» — так в шутку или с укоризной могли называть неопрятного или бедного человека. Однако профессиональное толкование выглядит убедительнее: на Украине, особенно в Полтавской и Черниговской губерниях, гончарный промысел был массовым, и фамилии с корнем Череп-/Чреп- (Черепенко, Черепков, Чрепченко) фиксируются именно в тех регионах, где работали целые династии горшечников.

Фамилия Чрепченко встречается реже, чем её однокоренные варианты (Черепченко, Черепенко), что может указывать на более узкое локальное бытование — возможно, в сёлах Черниговщины или Сумщины, где акающий говор мог стянуть «череп» в «чреп». В современных базах данных фамилия редкая, носители рассеяны по Украине и югу России. Сословно это, скорее всего, потомки казаков или крестьян-ремесленников: дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.