Фамилия Чубеева — женская форма от Чубеев, и её разумнее всего анализировать в мужском варианте. Основа здесь — прозвище или тюркское имя Чубей. Корень «чуб-» в русском языке прочно ассоциируется с чубом, то есть прядью волос, хохлом или коком. В старину чубатого человека, носившего длинный чуб или особую причёску, могли запросто окрестить Чубеем. Такая модель — образование прозвищ по характерной внешней черте — была очень распространена.

Однако у фамилии есть и вторая, не менее вероятная версия. Формант «-ей» часто встречается в тюркских именах и прозвищах (например, Абдулхак, Байтемир). В таком случае Чубей — это русифицированная форма тюркского имени. В тюркских языках есть корень «чуб» со значением «верхушка», «вершина» или «пучок», а также личное имя Чубай, что может означать «крепкий», «плотный». С учётом того, что фамилия встречается в регионах Поволжья и Урала, где веками жили тюркские народы, эта версия выглядит очень правдоподобно.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Чубеев — сын Чубея. Это типичная русская патронимическая модель, которая в XVI–XVII веках закрепилась за многими нерусскими прозвищами и именами. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, был либо русским крестьянином с заметным чубом, либо выходцем из тюркской среды, чьё имя при крещении или при записи в документы получило русское окончание.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, она сформировалась в какой-то одной местности и не получила массового распространения. Встретить Чубеевых можно преимущественно на территории бывшей Казанской губернии, в Башкортостане и Оренбургской области. Сословно предки, вероятно, были государственными крестьянами или служилыми людьми из «инородцев», что характерно для этого региона.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чубаров, Чубин, Чубанов — показывает, что все они так или иначе отталкиваются от слова «чуб» или тюркских соответствий, но Чубеев стоит особняком из-за редкого окончания «-ей». Это не переделка фамилии на «-ов», а именно исходное прозвище, которое сохранило свою форму.