Фамилия Чубаева образована от мужского прозвища Чубай. Основа здесь — слово «чуб», то есть прядь волос, хохол, оселедец. В старину чубатого человека (с длинным чубом, казацкой стрижкой или просто с заметной прядью) легко могли прозвать Чубаем. От этого прозвища через стандартный русский патронимический суффикс -ев и появилась фамилия: Чубаев — сын Чубая. Женская форма Чубаева, соответственно, пошла от мужа или отца.

Суффикс -ев (вместо более частого -ов) указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или й: Чубай → Чубаев. Это типичная модель для русских фамилий, особенно распространённых в центральных и южных регионах. В отличие, скажем, от фамилии Чубин, где суффикс -ин указывает на основу на твёрдый согласный, Чубаев сохраняет исходное прозвище почти без изменений.

Прозвище Чубай могло иметь и переносный смысл. В некоторых говорах «чубом» называли не только волосы, но и верхушку чего-либо, выступ. Однако наиболее вероятная версия — внешняя примета: обладатель густого или длинного чуба, возможно, казак или крестьянин, носивший традиционную стрижку «под горшок» с выпущенным чубом. Встречается и вариант, что Чубаем могли назвать человека с непокрытой головой, но это уже менее надёжное толкование.

География фамилии широкая, но заметное скопление носителей — на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Поволжье. Встречается она и у татар, башкир: у тюркских народов «чуб» тоже означал клок волос, и прозвище Чубай могло возникнуть независимо. В таком случае фамилия Чубаева — пример межэтнического совпадения, когда разные языки дали одинаковую по смыслу основу.

В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена — носители её были в основном из крестьян и мещан. Среди известных людей с похожей фамилией — Анатолий Чубайс, но его фамилия происходит от другой основы (вероятно, от имени Чуб или Чубей), и писать её нужно через «йс» на конце. Чубаева — фамилия более редкая, но с прозрачной и понятной этимологией, без тёмных мест.