Фамилия Чубаев образована от прозвища Чубай. Оно ведет свое начало от нарицательного «чуб» - «хохол, вихор, взбитый или отращенный локон». Согласно другой версии, прозвище Чубай восходит к украинскому глаголу «чубити» - «колотить», «бить кого-либо, хватая за чуб». В таком случае Чубаем называли вспыльчивого, горячего человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чубай, со временем получил фамилию Чубаев.