Фамилия Чубаков образована от прозвища Чубак. По одной из версий, оно ведет свое начало от киргизского слова «чубак», которое в переводе на русский язык означает «луч (солнца)». Согласно другой гипотезе, прозвище имеет славянские корни и восходит к слову «чубак» - так западные славяне называют рыбу чемак. Поэтому вполне возможно, что основатель рода Чубаковых был рыбаком и промышлял ловлей этого вида рыбы. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чубак, со временем получил фамилию Чубаков.