Фамилия Чубака — редкая и необычная по звучанию. Её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое давали человеку по характерной внешности. Основа здесь — слово «чуб», длинная прядь волос, оставленная на выбритой голове, или просто заметный, торчащий клок волос. Мужчина с таким чубом, вероятно, и получил прозвище Чубак. Суффикс -ак в русских прозвищах часто указывает на носителя признака, иногда с оттенком просторечия или уменьшительности: Чубак — буквально «обладатель чуба». Таким образом, фамилия отвечает на вопрос «чей?» (Чубака — сын Чубака) и образована по той же модели, что и, например, Гуляка, Зевака или Рыжак.

В отличие от более частых фамилий Чубаров или Чубаев, где суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность к отцу (Чубарь — «чубатый», Чубай — «чубатый»), форма Чубака закрепилась в родительном падеже. Такая модель (фамилии на -ака, -яка) типична для украинской и южнорусской ономастики, где было принято называть человека по отцу в краткой форме: Чубака — значит «Чубаков сын». Географически фамилия тяготеет к украинским землям и югу России, где слово «чуб» было особенно распространено как часть казачьего быта и внешнего облика. Оселедец, длинный чуб на бритой голове, был отличительным знаком запорожского казака, поэтому предок-носитель прозвища вполне мог быть из казачьей среды.

Версия о происхождении от тюркского или кавказского имени маловероятна, поскольку для русского уха основа «чуб» прозрачна и не требует иноязычных объяснений. Слово «чуб» — общеславянское, и фамилия Чубака органично вписывается в ряд прозвищных фамилий по внешнему признаку. Сословные границы для неё не определяются: прозвище могли дать и крестьянину, и казаку, и мещанину — важно было только наличие заметной детали внешности. Сейчас фамилия встречается редко, что делает её любопытным объектом для семейного историка.