Фамилия Чубакин образована от прозвища или мирского имени Чубак. В русской ономастике это довольно распространенная модель — основа на -ак и типичный патронимический суффикс -ин. Суффикс -ак в древнерусских прозвищах часто нес оттенок уменьшительности или принадлежности к чему-то характерному: например, Гуляк (от гулять), Рыжак (от рыжий). В случае с Чубаком основа почти наверняка связана со словом «чуб» — прядь волос, хохол, иногда длинная прядь на бритой голове.

Прозвище Чубак мог получить человек с заметным, выделяющимся чубом. В крестьянской среде, где прически были строго регламентированы бытом, а мужчины часто стриглись коротко, обладатель длинного или необычного чуба сразу бросался в глаза. Не исключено, что прозвище давали и по характеру — «чубатый» иногда означало задиристого, бойкого человека, который «ходит чубом вперед». В некоторых говорах слово «чуб» имело переносное значение — верхушка, гребень, так что Чубаком могли назвать и того, кто занимал видное место в общине.

С точки зрения географии, фамилия Чубакин скорее всего сформировалась в центральных или южнорусских землях, где слово «чуб» было особенно употребительно. В северных говорах больше использовали слово «вихор», поэтому Чубакины чаще встречаются в областях бывшего Рязанского, Тамбовского или Курского княжеств. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от основы на твердый согласный, что характерно для северной и центральной России (в отличие от южных фамилий на -енко).

Среди однокоренных фамилий — Чубаров, Чубуков, Чубатый. Чубакин выделяется именно моделью с -ак, что делает её более древней по происхождению: такие формы чаще встречаются в документах XV–XVI веков, когда прозвища ещё не застыли в фамилии. В переписных книгах XVI века нередко фиксировали «Чубак Иванов сын» — то есть человек по прозвищу Чубак, а его потомки уже писались Чубакины.

Исследователь русских фамилий Б. Унбегаун в своей работе относит фамилии на -ак к разряду прозвищных, часто образованных от внешних признаков. Спорных версий здесь немного: связь с тюркским «чубак» (палка, дубина) маловероятна, так как в русских говорах это слово не закрепилось. Более правдоподобно, что Чубакин — чисто славянская фамилия, напрямую описывающая внешность предка: «тот, кто носит чуб».