Фамилия Чубенец — яркий пример того, как в русской ономастике «прячется» украинский или белорусский след. Её основа — слово «чуб», которое в восточнославянских говорах означало прядь волос, хохол, а также могло быть прозвищем человека с заметным чубом или, в переносном смысле, — бойкого, задиристого парня. Суффикс «-енец» указывает на типичную западнорусскую, украинскую или белорусскую модель образования фамилий, где он часто обозначал принадлежность к местности или роду: «чубенец» — потомок или выходец от человека по прозвищу Чуб.

В отличие от более распространённых фамилий на «-ов» (Чубов), форма «Чубенец» встречается реже и несёт в себе оттенок уменьшительности или сыновней связи. В старину так могли назвать не самого обладателя чуба, а его сына или младшего родственника, буквально «маленький Чуб» или «Чубов сын». Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи: Гродненской, Минской, Волынской губерниям, а также к землям современной Украины. Встречается она и у казаков, где прозвище «чуб» было особенно распространено из-за знаменитого оселедца.

Словообразовательный разбор прост: корень «чуб-» плюс суффикс «-енец». В некоторых говорах «чубом» называли не только волосы, но и пучок травы, кисть или даже холм, однако для фамилии основная версия — антропонимическая, от личного прозвища. Фамилия не получила широкого дворянского распространения и осталась в основном в крестьянской и казачьей среде, что делает её носителей потомками людей, чья родовая память идёт из сельских общин Черниговщины, Полтавщины или Беларуси.