Фамилия Чубунов — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе несколько разных историй. Самое простое и очевидное объяснение лежит на поверхности: в основе лежит слово «чуб» — прядь волос, хохол, оселедец. Тогда Чубунов — это «сын Чубуна», то есть человека, которого прозвали за длинный чуб или за то, что он его по-особенному носил. Такое прозвище могли дать запорожскому казаку, щеголю или просто человеку с заметной прической.

Однако есть и другая, не менее весомая версия, связанная с диалектным словом «чубун». В южнорусских и украинских говорах так называли чубук — полую трубку, через которую курят табак, или стебель тыквы, используемый для тех же целей. В этом случае Чубунов — потомок мастера, делавшего чубуки для курительных трубок, или человека, который сам постоянно курил и получил прозвище по своему аксессуару. Эта версия подкрепляется тем, что в русской ономастике фамилии, образованные от названий предметов быта, встречаются очень часто.

Морфологически фамилия образована по стандартной патронимической модели: к основе «Чубун» добавился русский суффикс принадлежности -ов, указывающий на «сына Чубуна». Интересно, что в отличие от фамилии Чубаров (от «чубар» — рябой, пестрый), здесь нет указания на внешность, кроме прически. А вот с фамилией Чубуков (от «чубук») у Чубунова прямая этимологическая перекличка: разница лишь в диалектном произношении — «чубун» вместо «чубук».

Географически фамилия тяготеет к южным областям России и востоку Украины — тем территориям, где исторически были сильны казачьи традиции и где слово «чуб» было не просто частью облика, а символом вольности. Встречается она нечасто, что говорит о локальном, а не общерусском происхождении прозвища. В итоге, Чубунов — это фамилия, которая с равной вероятностью могла принадлежать и гордому казаку с длинным чубом, и мастеровому, делавшему детали для курительных трубок. Оба варианта ведут в XVII–XVIII века, когда прозвища активно превращались в наследственные фамилии.