Прозвище Чубун восходит к глаголу «чубити» - «колотить», «бить кого-либо, хватая за чуб». Вероятно, Чубуном называли вспыльчивого человека, забияку, драчуна. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чубун, со временем получил фамилию Чубунова.