Фамилия Чучилина — женская форма фамилии Чучилин, и её происхождение лучше всего рассматривать через мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Чучила. Такие имена на -ила в древнерусской традиции были распространены: они часто указывали на характер или привычки человека. Если разобрать слово, «чучила» могло быть связано с глаголом «чучить» — в некоторых говорах это означало «чахнуть, хиреть, болеть», а в других — «мучить, томить». Соответственно, Чучилой могли прозвать либо болезненного, слабого человека, либо, наоборот, того, кто сам донимал других — задиру или ворчуна.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чучилин — «сын Чучилы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а, -я (сравните: Ильин, Фомин, Кузьмин). То есть изначально фамилия отвечала на вопрос «чей?» — чей сын? Чучилин.

География фамилии довольно узкая. Чучилины встречаются в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Нижегородской, Костромской и Вологодской областях. В этих местах слово «чучить» в значении «чахнуть» или «мучить» фиксировалось диалектологами. Это косвенно подтверждает, что прозвище могло возникнуть именно в севернорусской среде.

Интересно, что фамилия Чучилин не имеет отношения к чувашскому или тюркскому корню «чуча» (в значении «кукла»), хотя внешнее сходство есть. Русские фамилии на -ин от прозвищ на -ила — явление исконное, искать в них иноязычную основу стоит только при прямых указаниях из истории рода. В данном случае версия с диалектным глаголом «чучить» выглядит наиболее правдоподобной.

Встречается также вариант Чучилина с ударением на второй слог (Чучи́лина), но в большинстве говоров ударение падает на первый: Чу́чилина. На письме это никак не отражается, но в устной речи может указывать на региональные особенности произношения.