Фамилия Чудокова — женская форма фамилии Чудоков, и её происхождение раскрывается через разбор мужского варианта. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Чудок, которое образовано от древнерусского слова «чудо». В дохристианской Руси такие имена давали детям как оберег: считалось, что имя Чудок (то есть «чудесный», «необычный») принесёт ребёнку удачу или защитит от злых сил. Суффикс -ок в данном случае — уменьшительно-ласкательный, как в словах «сынок», «дружок», так что первоначально Чудок могло быть домашним, ласковым прозвищем.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа Чудок- плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Чудоков сын, то есть сын Чудока). Таким образом, фамилия Чудоков означает потомка человека по прозвищу Чудок. Встречается она в основном в центральных и северных регионах России, где такие «обережные» имена были особенно распространены.

Есть и другая, менее вероятная версия: прозвище Чудок могло относиться к человеку со странным, чудаковатым поведением. В народе «чудом» иногда называли не только нечто дивное, но и чудака, человека с причудами. Однако в этом случае фамилия скорее отражала бы характер предка, а не пожелание удачи.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чудаков, Чудинов, Чудов — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Чудоков стоит ближе к уменьшительной форме, что делает её более личной, «домашней» по происхождению. В отличие от Чудакова, где суффикс -ак часто указывал на деятеля или носителя признака, Чудоков — это именно «сын Чудка», что говорит о прозвище, передавшемся от отца к детям.

В исторических документах фамилия Чудоков встречается нечасто, но фиксируется в переписях XVII–XVIII веков на территории нынешних Костромской и Вологодской областей. Это согласуется с ареалом бытования древнерусских нецерковных имён. Носители фамилии, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми — в дворянских родословных книгах она не отмечена.