Фамилия Чудоякова — яркий пример, как за привычным суффиксом -ов скрывается необычная основа. Если отбросить родовое окончание -а, то в центре стоит прозвище Чудояк. Слово это составное: первая часть — «чудо» (в значении «диво», «нечто странное»), вторая — «як». В русских говорах «як» могло означать «крик», «шум», а в некоторых диалектах так называли человека, который любит громко разговаривать или скандалить. Таким образом, Чудояк — это «диковинный крикун» или «человек с чудными, необычными манерами».

Вероятнее всего, фамилия образовалась не от имени, а от прозвища, которое дали за поведение или внешность. В ономастике подобные конструкции встречаются редко: обычно вторая часть сложных прозвищ — это «нос», «глаз» или «борода». «Як» — более редкий компонент, что делает фамилию локально привязанной к определённым говорам. Скорее всего, предок Чудояковых жил на севере или северо-западе России, где диалектное слово «якать» (кричать, аукать) было в ходу.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Чудояков», то есть сын или потомок Чудояка. Это фамилия недворянского происхождения: основная масса таких фамилий закрепилась за крестьянами и посадскими людьми в XVII–XIX веках после отмены крепостного права, когда нужно было дать родовое имя всей семье.

Другие версии, например, связь с финно-угорским «чудь» (древнее племя), выглядят натянуто: слово «чудо» в русском языке имеет собственное значение, и сочетание с «як» даёт более прямую и бытовую картину. Если же предположить, что «Як» — это краткая форма имени Яков (как «Яша»), то Чудояк мог быть «дивным Яковом», но такая модель для русских прозвищ нетипична — обычно имя не соединяют с прилагательным через корень. Так что версия с диалектным прозвищем остаётся основной.