Фамилия Чуханенко — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая сразу указывает на географию и способ появления. Суффикс -енко, характерный для Центральной и Левобережной Украины, в XVII–XVIII веках был патронимическим: он означал «сын» или «потомок». Таким образом, Чуханенко — это буквально «сын Чухана», а Чухан, в свою очередь, — прозвище или неканоническое имя отца.

Основа фамилии — слово «чухан». В украинских и южнорусских говорах у него два основных значения, и оба могли стать источником прозвища. Первое — «чумазый, грязный, неопрятный человек», от глагола «чухать» (чесать, скрести) или, возможно, от «чухна» — так в некоторых регионах называли неряху. Второе значение — «человек, который чухает», то есть чешет (льн, шерсть или самого себя). В крестьянской среде прозвища часто давались по привычке: если человек постоянно чесался или, наоборот, занимался трепанием льна, его могли прозвать Чуханом.

Существует и менее распространённая, но правдоподобная версия, связывающая фамилию с этнонимом «чухонец» (устаревшее название финнов, особенно ингерманландцев). В этом случае Чуханенко — «потомок чухонца». Однако для украинской фамилии такая версия слаба: контакты с чухонцами были характерны для северо-запада России, а не для украинских земель. Поэтому бытовое прозвище по внешнему виду или занятию — объяснение более надёжное.

Фамилия Чуханенко не относится к дворянским или священническим — это типичная крестьянская фамилия, возникшая в среде казачества или сельского населения. Её носители, скорее всего, были простыми людьми: земледельцами, ремесленниками или казаками. В документах фамилия встречается преимущественно в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также в прилегающих районах России, куда украинцы переселялись в XVIII–XIX веках.

Однокоренные фамилии — Чуханов, Чухин, Чухан — встречаются у русских, но суффикс -енко однозначно выдает украинское происхождение. Если человек с такой фамилией живёт в России, его предки почти наверняка пришли с Украины, что подтверждается историей миграций: после ликвидации Запорожской Сечи и в ходе столыпинской реформы украинские крестьяне осваивали земли Кубани, Поволжья и Сибири.