Фамилия Чухатина образована от прозвища или нецерковного имени Чухата. Основа «чух» в русских говорах многозначна, но чаще всего связана с чужим, нерусским: «чухна» — презрительное прозвище финно-угров (эстонцев, финнов, карел), а «чуха» — либо тот же корень, либо диалектное слово со значением «свинья» (в рязанских и тамбовских говорах). Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Чухатин — «сын Чухаты» или «человек из семьи Чухаты». Форма на -а характерна для прозвищ и имён в северных и центральных регионах России, где окончание -а нередко у мужчин (ср. Гаврила, Фома).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «чухать» (чесать, скрести, а также — в ряде диалектов — «чувствовать»). Тогда Чухатой могли прозвать человека, который постоянно чешется, или, напротив, того, кого считали проницательным, «чухающим» суть. Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища от действий чаще образуются с суффиксами -ун, -ак (Чухун, Чухак), а не с -ата.

Фамилия довольно редкая, без ярко выраженного очага бытования. Встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о прозвище по этническому признаку: в этих регионах исторически были контакты с финно-угорскими народами. По сословной принадлежности Чухатины, скорее всего, крестьяне или мещане — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренные фамилии — Чухин, Чуханов, Чухлов — все они отталкиваются от того же корня «чух», но с разными суффиксами, что типично для русской антропонимии, где одно и то же прозвище могло породить несколько фамилий в разных семьях.