Фамилия Чухчин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: притяжательный суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на -а или -я. В данном случае основа — Чухча. Это прозвище, а не каноническое имя, и его значение ведёт нас в область диалектной лексики северных и центральных губерний России.

Слово «чухча» в русских говорах имело несколько значений, но все они связаны с одной характеристикой — неопрятностью, нечистоплотностью или неряшливостью. В архангельских и вологодских говорах «чухча» — это чучело, пугало, а также небрежно одетый, лохматый человек. В рязанских и тамбовских диалектах слово означало «свинья», причём не столько как животное, сколько как бранное прозвище для грязнули. Таким образом, прозвище Чухча могли дать человеку, который не следил за одеждой, ходил растрёпанным или вызывал насмешки своим внешним видом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чухчин буквально значит «сын Чухчи» или «человек из семьи Чухчи». Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища отца переходили к детям без изменений. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мужских имён с твёрдой основой, -ин чаще прикреплялся к основам на -а, что выдаёт в исходном прозвище слово женского рода или уменьшительно-пренебрежительную форму. В случае с Чухчей это, скорее всего, прозвище мужчины, оформленное по аналогии с ласкательными именами (как Гриша — Гришин, Митя — Митин).

Географически фамилия Чухчин редкая и встречается преимущественно в областях, граничащих с бывшими Новгородскими землями, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает, что прозвище бытовало в зоне распространения северорусских и среднерусских говоров. Встречается также вариант Чухин — с утратой согласной в середине, что для разговорной речи естественно, но Чухчин сохранил более архаичную форму.

Иных, «благородных» версий происхождения у фамилии нет. Она не связана ни с тюркскими корнями, ни с финно-угорскими заимствованиями, как может показаться на слух из-за созвучия со словом «чухна». Чухчин — чисто русская фамилия, прозвищная, с прозрачной и нелестной для первого носителя семантикой. Впрочем, для потомков это лишь указание на то, что их предок был человеком из народа, с живой речью и характером, который запомнился окружающим какой-то броской чертой.