Фамилия Чухнаков — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ов скрывается основа, звучащая как этноним. Проще всего предположить, что в её основе лежит слово «чухна» — дореволюционное, неофициальное и часто пренебрежительное название финно-угорских народов, в первую очередь эстонцев, ижоры или води. В XIX веке крестьяне северо-западных губерний (Петербургской, Псковской, Новгородской) так называли соседей — «чудь» и «чухонцев». Отсюда и прозвище Чухнак: так могли назвать либо выходца из этих народов, либо русского, который перенял их манеру говорить или одеваться. Фамилия Чухнаков, таким образом, означает «потомок Чухнака».

Однако есть и более прозаичная версия, которую поддерживают некоторые ономасты. В русских говорах слово «чухна» могло означать не только национальность, но и неряшливого, неопрятного человека, а также — по созвучию — чучело или пугало. В этом случае прозвище Чухнак закреплялось за небрежным хозяином или за человеком нелюдимым, «диковатым». Правдоподобность этой версии подкрепляется тем, что фамилия встречается не только в областях, граничащих с Прибалтикой, но и в центральной России, где финно-угорское население было давно ассимилировано.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: суффикс -ак (от которого образована основа Чухнак) нередко придаёт слову оттенок принадлежности к какой-либо группе или характерному признаку (сравните: рыбак, добряк). Затем к основе Чухнак прибавился притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность роду. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречается вариант Чухнаков с ударением на первый слог, что тоже характерно для прозвищ, образованных от этнонимов.

Социальный состав носителей фамилии был преимущественно крестьянским и мещанским. Дворянских родов Чухнаковых в «Бархатной книге» и других родословных сборниках не зафиксировано — это типичная «народная» фамилия, которая закрепилась за простыми людьми по месту их происхождения или по бытовой характеристике. Сегодня Чухнаковы встречаются по всей России, но заметная концентрация сохраняется в Псковской, Новгородской и Ленинградской областях, что косвенно подтверждает «этническую» версию происхождения.