Фамилия Чухонкина — женская форма фамилии Чухонкин, и её разбор лучше начать с суффикса, который сразу выдаёт способ образования. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в основе лежит прозвище или имя Чухонка, а фамилия буквально значит «сын Чухонки» или «человек из рода Чухонки». Это типичная русская модель, распространённая в северных и центральных губерниях, где суффикс -ин часто присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я.

Корень фамилии — «чухон-». В русском языке слово «чухонец» (и его производное «чухонка») исторически обозначало представителя прибалтийско-финских народов, прежде всего эстонцев или ижор, живших по соседству с новгородскими и псковскими землями. В бытовой речи XIX века «чухонкой» могли называть любую женщину финского происхождения, особенно из окрестностей Петербурга. Прозвище Чухонка, скорее всего, дали человеку не по национальности в строгом смысле, а по внешним чертам, манере говорить или месту жительства — например, выходцу из мест, где жили «чухонцы». Такие прозвища часто закреплялись за русскими крестьянами, которые долго общались с финноязычными соседями, а не за самими инородцами.

Географически фамилия Чухонкина встречается в основном на северо-западе России — в Ленинградской, Новгородской, Псковской областях, а также в Карелии. Это не случайно: именно здесь проходила зона активных контактов славянского и финского населения. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные прозвища на этнической основе упоминаются как частый случай, но без привязки к конкретному роду занятий. Можно предположить, что предок носителя фамилии мог быть крестьянином или ремесленником, жившим в смешанной этнической среде.

Спорных версий здесь немного. Иногда корень «чух-» пытаются связать с глаголом «чухать» (чесать) или «чуять» (слышать), но это натяжка: в русских говорах слово «чухна» устойчиво ассоциировалось именно с финнами, а не с действиями. Единственная альтернатива — возможное происхождение от неканонического имени Чухоня, которое могло быть уменьшительным от Чуха, но это уже частный случай, не меняющий общей картины.

Фамилия Чухонкина — не редкая, но и не массовая. Её носители, судя по архивным записям, в основном были крестьянами и мещанами, а в советское время — рабочими и служащими. Известных личностей с такой фамилией в публичном поле нет, что типично для фамилий, образованных от местных прозвищ, — они оставались в пределах своего региона и не попали в столичные элиты.