Фамилия Чухонина относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от личного прозвища. Так, фамилия Чухонина ведет свое начало от прозвища Чухоня. Прозвище Чухоня восходит к диалектному слову «чух», или «чухона», которое в воронежских и сибирских говорах имело значение «бестолковый человек». Вполне вероятно, прозвище употреблялось с ироническим оттенком с целью подчеркнуть недостатки или дурные привычки человека. Однако не исключено, что это прозвище выполняло так называемую «охранительную» функцию. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Чухоней. Также возможно, что прозвище Чухоня связано со словом «чухонец». Чухонцы — это прежнее название эстонцев а также карело-финского населения окрестностей Петербурга. Так могли прозвать не только непосредственно чухонца, но и человека, который был внешне или по особенностям своего поведения похож на представителей этого народа. Согласно другой гипотезе, в основе прозвища Чухоня лежит нарицательное «чуха» — «восточный кафтан с закидными рукавами из синего сукна». В таком случае Чухоней могли прозвать либо заморского купца, либо модника. Позже прозвище Чухоня, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. В результате чего это прозвище стало основой для фамилии Чухонина. О точном месте и времени возникновения фамилии Чухонина в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Чухонина представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.