Фамилия Чухонская — яркий пример того, как географическое прозвище цеплялось к человеку и закреплялось за его потомками. В основе лежит слово «чухна» — так в северо-западных и центральных губерниях Российской империи (Петербургской, Новгородской, Псковской) в быту называли представителей прибалтийско-финских народов: эстонцев, ижор, вожан, финнов-ингерманландцев. Прозвище Чухонец или Чухонка давали либо выходцу из этих земель, либо русскому, который долго жил среди них, перенял одежду или говор. От прозвища Чухонской (вариант: Чухонский) через суффикс -ск- образовалась фамилия — сначала как притяжательное прилагательное («чей?» — Чухонской), а затем, с утратой родового окончания, закрепилась форма Чухонская.

Фамилия стоит в женской форме, что типично для случаев, когда носительницей является женщина, или же когда фамилия изначально зафиксирована в документах на дочь или вдову. Мужской вариант — Чухонский. По происхождению это типичная «географическая» фамилия, характерная для северо-запада России. Встречается она редко, что неудивительно: прозвище было не столько нейтральным, сколько бытовым, иногда с оттенком снисходительности, поэтому в официальные документы его старались не вносить. В метрических книгах Петербургской губернии XIX века такие фамилии попадаются, но единично.

Словообразовательная модель проста: корень «чухон-» + суффикс принадлежности «-ск-» + окончание женского рода. Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия формировалась в среде дворянства или духовенства, либо у крестьян, но под влиянием канцелярского языка, где такие формы были нормой. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев (сын крестьянина Ивана), фамилии на -ский/-ская чаще давали людям, чьё происхождение или прозвище хотели подчеркнуть как особый признак — в данном случае этнический.

Другая, менее вероятная, версия возводит фамилию к топониму Чухонка — название нескольких деревень в бывшей Петербургской губернии. Тогда Чухонская означает «выходец из Чухонки». Но поскольку само название деревень, скорее всего, произошло от того же прозвища жителей, обе версии сходятся в одном: корень фамилии — народное название финно-угорских соседей.

В современных справочниках фамилия Чухонская не входит в число распространённых. Встречается она в основном на северо-западе России, а также в среде потомков переселенцев, уехавших в Сибирь или на Урал в XIX–XX веках. Известных общественных деятелей или исторических личностей с такой фамилией нет — это редкая, локальная фамилия, которая сохранилась скорее как семейное предание, чем как громкое имя.