Фамилия Чухонина — это женская форма, но в русской традиции она восходит к мужской основе Чухонин. В центре разбора — не географическое название, а прозвище или этническое определение. Самая прямая версия: слово «чухна» — старое, бытовое название финно-угорских народов, прежде всего ижоры и эстонцев, живших на северо-западе Руси, под Петербургом и в Прибалтике. В обиходе «чухной» называли любого человека, чей говор и внешность выдавали в нём выходца из этих мест. Прозвище Чухна давали либо пришлому с северо-запада, либо человеку, который внешне или по манере речи напоминал «чухонца». От этого прозвища через суффикс принадлежности -ин образовалась фамилия Чухонин: буквально «сын Чухны».

Менее вероятная, но встречающаяся в бытовой ономастике версия связывает основу с глаголом «чухать» — в некоторых говорах «чесать», «скрести», «чистить». Прозвище Чуха могли дать дотошному, чистоплотному человеку. Однако эта гипотеза слабее: в фамилии Чухонин ударение и звуковой состав тяготеют к «чухна», а не к «чухать». Слово «чухна» фиксируется в письменных источниках с XVII века, и именно на северо-западе России фамилия Чухонины встречается чаще всего — в Новгородской, Псковской, Ленинградской областях и в Карелии.

Суффикс -ин указывает на древнюю модель образования: так в XVI–XVII веках создавали фамилии от прозвищ на -а/-я. Чухонин — типичный пример «патронимического» способа, когда фамилия закрепляла имя или прозвище отца. Сословно носителями этой фамилии чаще всего были крестьяне и мещане северо-западных губерний, где контакт с финно-угорским населением был повседневным. Фамилия не перешла в дворянскую среду, поэтому в родословных книгах её почти нет.

Интересная деталь: в XIX веке, после введения всеобщей воинской повинности, фамилия могла закрепиться за солдатами, взятыми из «чухонских» деревень, или за их детьми, получившими прозвище по месту службы отца. Но это уже частный случай, а не массовое явление. В целом Чухонина — фамилия с прозрачной этнической подоплёкой, которая прямо говорит о том, что предок носителя жил на границе русского и финно-угорского миров и получил прозвище от соседей.