Фамилия Чухоня — редкий случай, когда прозвище почти наверняка указывает на этническое происхождение предка. В основе лежит слово «чухна» — так в старых русских говорах, особенно новгородских и псковских, называли представителей прибалтийско-финских народов: эстонцев, ижору, водь или финнов-ингерманландцев. Слово не было ругательным, скорее бытовым, нейтральным обозначением соседей. Суффикс «-я» в прозвище Чухоня — уменьшительно-ласкательный или просторечный, как в «дядя», «Ваня», «Степаня». То есть прозвище могло означать «чухонец», «маленький чухонец» или «парень из чухонцев».

По модели образования фамилия типична для восточнославянского ономастикона: прозвище на -я перешло в фамилию без изменений, без добавления типовых суффиксов -ов или -ин. Такие «неоформленные» фамилии (Косарь, Швец, Чухоня) чаще встречались на Украине, в Белоруссии и на юге России, но для северо-запада, где этноним «чухна» был в ходу, это тоже возможно.

Более редкая версия — от древнерусского глагола «чухать» (чесать, скрести, а в переносном смысле — бить, хлестать). Тогда Чухоня могло быть прозвищем драчуна или неуживчивого человека. Но эта гипотеза слабее: связь с этнонимом лежит на поверхности, а глагольная основа дала бы скорее формы Чуханов, Чухин, Чухлов.

География фамилии узкая. Чухони встречаются в основном в Ленинградской, Псковской, Новгородской областях и в Санкт-Петербурге — то есть на исторических землях, где русские веками жили бок о бок с чудью и водью. Встречается фамилия и в Белоруссии, что объяснимо: после разделов Речи Посполитой на западные губернии переселяли крестьян из Прибалтики.

Социальный состав носителей, судя по сохранившимся записям XIX века, — крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не переделывалась, не русифицировалась — сохранила исходную форму прозвища, что для ономастики ценно: это прямой срез межэтнических контактов на северо-западе России.