Фамилия Чехоня — одна из тех, где исходное слово знакомо каждому, но связь с прозвищем неочевидна. В основе лежит название рыбы чехонь (из семейства карповых, с характерным вытянутым телом). Прозвище Чехоня могли дать человеку за внешнее сходство — худой, узкоплечий, или за манеру двигаться, извиваться. В русских говорах слово имело и переносное значение: «чехоня» — вертлявый, юркий человек, иногда — бойкая, крикливая женщина. Так что фамилия, скорее всего, образована от прозвища по внешности или характеру, а не от профессии рыбака, хотя и такая версия возможна.

Формант -я указывает на древний тип образования: это не суффикс фамилии, а окончание прозвищной формы. Фамилии на -я (Чехоня, Вертячий, Заика) обычно старше, чем массовые -ов/-ев и -ин, и часто встречались в южнорусских и белорусских землях, где долго держалась традиция прозвищ без фамильных суффиксов. В северных говорах, кстати, чехонь называли «чеша» или «чехва», так что фамилия Чехоня географически привязана скорее к среднерусской полосе и югу.

С точки зрения словообразовательной модели, Чехоня — редкий случай, когда фамилия совпадает с исходным апеллятивом (названием рыбы) без каких-либо изменений. Родственные фамилии — Чехонин (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «сын Чехони»), Чехонский (с польско-шляхетским суффиксом). Встречается также вариант Чехонь, но он гораздо реже. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаний Чехони нет, что косвенно подтверждает: фамилия не из боярской или служилой среды, а из крестьянской или мещанской.

Не стоит путать с фамилией Чехов — та образована от имени Чех (уменьшительное от Честмир или от этнонима «чех»). Чехоня же — чисто прозвищная, рыбная, без славянского этнического подтекста. Если ваш предок носил такое прозвище, он, скорее всего, был человеком заметным — либо внешне приметным, либо с живым, непоседливым нравом.