Фамилия Чехоненко — один из тех случаев, когда корень слова уводит нас не в историю ремесла или имени, а в географию или этническое прозвище. Основа здесь — «чех», и сразу возникает два основных пути толкования.

Первый и самый очевидный: фамилия могла указывать на человека, имевшего отношение к Чехии или считавшегося чехом. В украинских и южнорусских землях, где фамилии на -енко особенно распространены, «Чехом» могли прозвать выходца из Чехии, либо человека, чем-то напоминавшего местным жителям чеха — говором, одеждой, манерой поведения. В XVII–XVIII веках в Речи Посполитой и Гетманщине действительно оседали чешские переселенцы, в основном ремесленники и солдаты, и их потомки нередко получали такие прозвища.

Вторая версия менее экзотична, но статистически вероятнее: прозвище «Чех» могли дать не за национальность, а за характер. В диалектах русского и украинского языков слово «чех» иногда употреблялось в переносном смысле — для обозначения человека медлительного, вялого или, наоборот, хитрого и себе на уме. Точное значение зависело от местности, но в любом случае это была яркая характеристика, которая легко закреплялась в качестве уличного прозвища.

Фамилия образована по типичной для Украины модели: к основе «Чех» добавили суффикс -енко, который первоначально означал «сын» или «маленький». Таким образом, Чехоненко — буквально «сын Чеха» или «потомок того, кого звали Чехом». Суффикс «-оненко» (с ударением на втором слоге) встречается реже, чем просто «-енко», и характерен для говоров Полтавщины и Черниговщины, что указывает на возможное происхождение рода именно из этих регионов.

В отличие от фамилий Чехов или Чехин, Чехоненко не имеет отношения к птице (чечётка) или к глаголу «чесать». Это чисто антропонимическое образование, где корень указывает на прозвище предка. Сословно фамилия неэлитарная: носители Чехоненко — это, скорее всего, потомки казаков или крестьян, получившие фамилию в XVIII–XIX веках, когда прозвища стали наследственными. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано.