Фамилия Чухонов — хороший пример того, как одна буква в суффиксе меняет всю историю. В отличие от массовых фамилий на -ов, образованных от полных крестильных имён (Иванов, Петров), здесь мы видим суффикс -онов, который в русской ономастике встречается реже. Он характерен для фамилий, произведённых от имён или прозвищ на твёрдый согласный, но с беглой гласной в основе: Чухон → Чухонов. То есть сначала было прозвище Чухон, а уже от него — фамилия.

Само прозвище Чухон восходит к старому, ныне устаревшему названию финно-угорских народов, проживавших на северо-западе Руси, — «чухна» или «чухонец». Так в Новгородской и Псковской землях, а позже и в Петербургской губернии называли эстонцев, ижору, водь, а иногда и финнов-ингерманландцев. Прозвище могло быть этническим — то есть указывать на происхождение предка из этих народов. В XV–XVII веках, когда активно шло заселение русских земель и смешение культур, такие прозвища давали вполне нейтрально, без обязательного негативного оттенка.

Вторая, менее очевидная версия, связывает основу с диалектным глаголом «чухать» — чесать, скрести, а в некоторых говорах — чуять, слышать. В этом случае Чухон мог быть прозвищем человека с обострённым обонянием или, наоборот, неряшливого, нечесаного. Однако эта гипотеза слабее: глагольные прозвища с суффиксом -он встречаются реже, и для них характерна другая модель (например, от «чухать» скорее получилось бы Чухалов или Чухин).

Географически фамилия Чухонов тяготеет к северо-западу России. В дореволюционных переписях она встречается в Новгородской, Псковской и Санкт-Петербургской губерниях — как раз в тех местах, где контакт с финно-угорским населением был повседневностью. Это косвенно подтверждает первую, этническую версию происхождения.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму: в современном русском языке слово «чухна» почти вышло из употребления, а «чухонец» воспринимается как устаревшее или просторечное. Поэтому носители фамилии Чухонов сегодня нередко даже не догадываются, что их фамилия — отголосок многовекового соседства русских с финскими племенами, а их предки, скорее всего, жили на границе двух миров.