Фамилия Чухонин — одна из тех, где исходное прозвище звучит почти как этноним, но на деле почти наверняка им не является. Основа здесь — «чухон-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Чухонин, то есть сын или потомок Чухо́ни. Но кого в старину называли Чухоной?

Самая распространённая версия связывает прозвище с диалектным словом «чухна́» — так в северо-западных русских землях (новгородских, псковских) и в Поволжье называли представителей прибалтийско-финских народов: ижору, водь, эстонцев, а позже и финнов. Однако прозвище Чухона мог получить не обязательно инородец. В русской среде «чухоной» нередко дразнили человека со светлыми, «белёсыми» волосами и глазами, похожего на финна по внешности, либо того, кто говорил с характерным «чокающим» выговором. Это типичная ситуация, когда внешний или речевой признак закреплялся как семейное прозвище, а потом переходил в фамилию.

Модель образования простая и архаичная: прозвище на -а/-я (Чухона) плюс притяжательный суффикс -ин. Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где была сильна новгородская колонизация и контакты с финно-угорским населением. Встречается фамилия и в старых писцовых книгах — например, в документах XVII века по Новгородскому уезду упоминаются крестьяне и посадские люди Чухонины. Сословно это были в основном крестьяне и мещане, реже — купцы.

Любопытная деталь: фамилия Чухонин — не единственная в этом ряду. Есть однокоренные Чухнов, Чухнин, Чухонцев, а также более поздняя Чухонский. Все они восходят к одному корню, но суффиксы различают ветви: -ов типичен для юга и востока, -ин — для севера и запада. Чухонин стоит в том же ряду, что и Карелин, Чудов, Лопарин (от «лопари» — саамы) — прозвища по этническому или псевдоэтническому признаку.

Если искать самый ранний письменный след, то в Ономастиконе С. Б. Веселовского упоминается Чухна — крестьянин в Деревской пятине (XVI век). От него и пошли Чухонины. Так что, скорее всего, ваш предок был не прибалтийским финном, а русским человеком, за которым закрепилось такое уличное прозвище — по внешности, говору или месту жительства в краю, где чухна была привычным соседом.