Фамилия Чунгалов — редкий пример, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская. Если отбросить типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся корень «Чунгал». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «чунгал» или «чонгыл» имеет несколько значений: «глухой, дремучий лес», «чаща», а также «овраг, ложбина, заросшая кустарником». Таким образом, первым носителем фамилии могли прозвать человека, жившего у такого леса или в глухой местности.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде крещёных татар или башкир, которые после принятия православия получали фамилии по русской модели на -ов. Географически Чунгаловы встречаются в Поволжье и на Урале — там, где исторически смешивались финно-угорские, тюркские и славянские группы населения. Встречается и вариант написания через «ё» — Чунгалёв, но он менее распространён.

Менее правдоподобная, но существующая версия связывает корень с диалектным русским словом «чунга» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, неповоротливого человека. Однако тюркская этимология выглядит убедительнее: слишком специфична ландшафтная привязка, а фамилий с «лесными» корнями у тюркских народов множество.

В дореволюционных метрических книгах Чунгаловы чаще всего числились государственными крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сейчас фамилия остаётся довольно редкой: по открытым данным, в России её носит не более нескольких сотен человек, сосредоточенных в основном в Башкортостане и Оренбургской области.