Фамилия Чупаченко образована по одной из самых распространённых в украинском ономастиконе моделей — с помощью суффикса -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький», «сын» или «потомок». Первоначально Чупаченко — это «сын Чупака» или «сын Чупаки».

Основа фамилии — прозвище Чупак. Его происхождение спорно, но наиболее убедительная версия связывает его с диалектным украинским глаголом «чупати» — «сосать», «тянуть». Чупаком могли назвать младенца, который долго не отлучался от груди, или, напротив, взрослого, который любил потягивать напитки — например, самогон. В говорах юго-западной Украины встречается и слово «чупа» в значении «соска», что также отсылает к детской привычке.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «чупа» — «пучок», «хохол», откуда происходит и слово «чуб». В таком случае Чупак — прозвище человека с заметным хохлом или чуприной. Однако для фамилий на -енко тюркские основы редки, и версия с «сосать» выглядит правдоподобнее.

С географической точки зрения фамилия Чупаченко типична для центральной и восточной Украины — регионов, где суффикс -енко стал основным патронимическим формантом. В России она встречается реже и чаще всего у потомков переселенцев с Украины, особенно на Кубани и в южных областях.

Обратите внимание на чередование: исходная основа Чупак, прибавив -енко, дала Чупаченко, где «к» перешло в «ч» (как в парах казак — казаченко, мужик — мужиченко). Это типичное фонетическое явление для украинской антропонимии.