Фамилия Чупайкина — женская форма, а мужской вариант — Чупайкин. Она образована по старинной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Чупайкин означает «сын Чупайки» или «человек из рода Чупайки». Основа здесь — прозвище Чупайка, а в его корне лежит глагол «чупать» или «чупаться».

В диалектах русского языка «чупать» имело несколько значений. В одних говорах — «сосать», «чмокать», «целовать», в других — «брать», «хватать», «тащить». Прозвище Чупайка могли дать человеку за какую-то характерную привычку: например, за манеру причмокивать, за любовь к сладкому или за то, что он всё тянул в рот. В северных и сибирских говорах «чупа» означало «маленький», «коротышка», так что прозвище могло относиться к невысокому человеку. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «чупа» — «красивый» или «милый», хотя для русской фамилии это редкий сценарий.

Суффикс -айк- в прозвище Чупайка — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, как в словах «зайка», «мамайка», «гуляйка». Такая форма часто бытовала в деревенской среде, где прозвища давали по внешности или поведению. Фамилия Чупайкин встречается преимущественно в центральных и поволжских регионах России, особенно в Нижегородской, Владимирской и Ивановской областях, что подтверждает её исконно русское происхождение.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто восходят к полным именам или профессиям, Чупайкин — типичный пример прозвищной фамилии, где в основе лежит не имя святого или ремесло, а бытовая черта. Предки Чупайкиных могли быть крестьянами или посадскими людьми, получившими своё родовое имя от шутливого уличного прозвища. Документальных упоминаний фамилии в древних актах почти нет, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда массово оформлялись фамилии у непривилегированных сословий.