Фамилия Чупчина — женская форма от мужской Чупчин, и её происхождение стоит разбирать именно через мужской вариант. Основа здесь — прозвище Чупча или Чупчо. В русских говорах слово «чуп» или «чупа» имело несколько значений: так могли называть человека с неопрятными, торчащими волосами (от «чуб»), либо, в диалектах, — нерасторопного, задумчивого человека. Есть и другая линия: в некоторых областях «чупой» называли небольшой крюк или багор, а «чупачить» означало «цеплять, задевать». В таком случае прозвище мог получить рыбак или ремесленник, работающий с крюками.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чупчин — «сын Чупчи» или «человек из дома Чупчи». Это типичная модель для русских фамилий XVI–XVII веков, когда фамилии образовывались от уличных прозвищ без участия крестильных имён. Интересно, что фамилия Чупчин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях. В этих краях слово «чуп» в значении «хохол, вихор» было особенно распространено, что косвенно подтверждает прозвищное происхождение.

Встречаются однокоренные фамилии: Чупов, Чупин, Чупров. Чупров — отдельная, более частая фамилия, но её корень может восходить к тому же «чупр» (вихор) или к коми-пермяцкому слову «чупр» — «глухарь». Для Чупчина связь с коми языками менее вероятна: фамилия почти не встречается за Уралом и в Прикамье, а её ареал — чисто русский Север.

Сословная принадлежность предков Чупчиных — почти наверняка крестьянская или посадская. Фамилия не дворянская, не духовная: её нет в родословных книгах и списках духовенства. Первые письменные упоминания, если судить по региональным переписям, относятся к XVII веку — крестьяне Чупчины из Вохтожской волости Вологодского уезда.