Фамилия Чуплыгина — женская форма фамилии Чуплыгин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В центре внимания здесь не столько корень, сколько редкая словообразовательная модель. Фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Чуплыгин — это «чей?» — сын или потомок Чуплыги. Но если бы основой было имя или прозвище Чуплыга, мы бы ожидали форму Чуплыгин. Однако в фамилии присутствует дополнительный суффикс -л-, что делает её уникальной.

Самая вероятная версия: в основе лежит прозвище Чуплыга, а само оно происходит от диалектного глагола «чупать» или «чупыркать». В северных и сибирских говорах «чупать» означало «чавкать, есть с причмокиванием», а «чупырка» — нечто неопрятное или неряшливо одетый человек. Таким образом, Чуплыга — это прозвище, данное либо за манеру есть, либо за небрежный внешний вид. Суффикс -л- в прозвищах часто придавал оттенок деятеля (ср. «сопля» от «сопеть»). Фамилия Чуплыгин, соответственно, означает «сын Чуплыги», а Чуплыгина — «жена или дочь Чуплыгина».

Менее убедительная гипотеза связывает фамилию с тюркским корнем «чуп» (мусор, сор), но она слаба, так как суффикс -лыг-/-лык- в тюркских языках дал бы иное звучание (например, Чуплыков). Русская диалектная основа выглядит гораздо естественнее.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России (Вологодская, Архангельская области, а также Поволжье). Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — прозвища, связанные с бытовыми привычками, редко давались духовенству или дворянству. В дореволюционных записях фамилия могла писаться через «о» (Чоплыгин) из-за аканья, но современный вариант закрепился с буквой «у».