Фамилия Чупыгина — женская форма фамилии Чупыгин, а та, в свою очередь, образована по простой и типичной для русского севера модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывал на принадлежность: Чупыгин — значит «сын Чупыги» или «человек из рода Чупыги». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральной и южной России, фамилии на -ин особенно характерны для северных и поволжских земель, где этот суффикс был основным способом образования родовых имён.

Основа фамилии — «Чупыга» — это прозвище. Его происхождение неочевидно, и здесь есть две основные версии, обе вполне рабочие. Первая связывает прозвище с диалектным глаголом «чупать» или «чупыркать» — в северных говорах это означало «трогать, щупать, хватать», иногда с оттенком неловкости или суетливости. Вторая версия возводит «Чупыгу» к слову «чуп», «чупка» — так в некоторых областях называли чуб, хохол, прядь волос. Соответственно, прозвище мог получить человек с заметным, торчащим чубом или, наоборот, с лохматой, неопрятной шевелюрой. Оба значения — и «суетливый, хватающийся за всё», и «чубатый» — вполне могли закрепиться за конкретным человеком в XV–XVII веках, когда на Руси активно складывались уличные прозвища, позже ставшие фамилиями.

Интересно, что фамилия Чупыгин встречается почти исключительно в одном регионе — в бывшей Вятской губернии (современные Кировская область, Удмуртия, частично Татарстан). В метрических книгах и ревизских сказках XIX века Чупыгины фиксируются в основном среди государственных крестьян и мещан северного Прикамья и Вятки. Это подтверждает северное происхождение фамилии: именно здесь суффикс -ин был доминирующим, а местные говоры сохраняли слова «чупать» и «чуп».

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чупин, Чупов, Чупахин — показывает, что все они произошли от разных форм одного корня, но Чупыгин стоит особняком из-за редкого суффиксального варианта «-ыга». В русской ономастике такой формант встречается нечасто (сравните с фамилиями Балыгин, Ковыгин), и его наличие делает фамилию Чупыгина более локальной и диалектной, чем, скажем, распространённая Чупина. Таким образом, носительница фамилии Чупыгина может с высокой вероятностью связать свои корни с крестьянскими семьями Вятской земли, где прозвище предка — Чупыга — закрепилось в документах и передалось потомкам.