Фамилия Чусалин — редкий пример, где основа отчётливо указывает на прозвище, а не на крестильное имя. В ней нет ничего от старых русских имён вроде Иван или Пётр. Корень «чус-» напрямую отсылает к слову «чус» или «чуса» — в северных и уральских говорах так называли челнок, небольшую лодку, выдолбленную из цельного дерева. Человек, делавший такие лодки или промышлявший на них рыболовством, легко получал прозвище Чус, Чуса или Чусан. От этой уличной клички и пошла фамилия: Чус → Чусал(ин) — с суффиксом -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «сын Чусалы».

Суффикс -ин здесь первичен и типичен для фамилий, образованных от основ на -а/-я. Если бы основа оканчивалась на согласный, стоял бы суффикс -ов. Чусалин — значит «чей?» — Чусалин, то есть потомок Чусалы. Сама форма «Чусала» — это либо вариант прозвища Чус с ласкательным или уменьшительным суффиксом -ал (как «копал» от «коп»), либо диалектное слово с тем же лодочным значением. В любом случае, перед нами прозвищная фамилия, связанная с водным промыслом или речным бытом.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России и Уралу. В переписных книгах XVII–XVIII веков на реках Вятка и Кама нередки прозвища Чус, Чусин, Чуса — именно там, где лодка-чус была основным средством передвижения. В современных справочниках Чусалины встречаются в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии, что подтверждает исходную привязку к Вятско-Камскому региону.

Есть и другая, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «чус» (быстрый, резвый) или с рекой Чусовой. Но против неё говорит типично русский суффикс -ин и отсутствие тюркских антропонимических моделей в этой фамилии. Если бы фамилия была тюркской, она скорее имела бы вид Чусаев или Чусов. Поэтому водная, промысловая версия остаётся основной.

Фамилия недворянская, нестарая в документальном смысле — её носители, скорее всего, были государственными крестьянами или посадскими людьми, жившими рекой. В сводных списках известных людей Чусалины не значатся, что для прозвищной фамилии из глубинки совершенно обычно.