Фамилия Чушечкина — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным физическим или поведенческим признаком. В её центре — слово «чушка» или «чушок». В русских говорах так называли поросёнка, но не просто детёныша свиньи, а часто — с оттенком пренебрежения или шутки: маленького, неопрятного, упрямого человека. Второе значение, зафиксированное в диалектах, — «чурбан», «обрубок дерева», что тоже могло стать прозвищем для коренастого, грубоватого или медлительного мужчины.

Суффикс -ечк- в этой фамилии — вторичный уменьшительно-ласкательный, он наслоился на уже готовую форму. Сначала от прозвища Чушка образовали фамилию Чушкин (по модели «чей?» — «сын Чушки»). А затем, для смягчения или в качестве прозвища внутри семьи, появилось Чушечка — «маленькая чушка», «ребёнок Чушки». Фамилия Чушечкина — это уже отчество от этой ласкательной формы: «дочь (или жена) Чушечки». Модель с двойным суффиксом (-ечк- + -ин) встречается нечасто и выдает фамилию недворянского, крестьянского или мещанского происхождения, где прозвища были живыми и передавались по наследству без оглядки на книжные нормы.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям России, особенно к бывшим Новгородским и Вологодским землям, где диалектное слово «чушка» было в ходу, а суффикс -ечк- в фамилиях встречается чаще, чем в южных говорах. Встречаются варианты написания через «ё» — Чушёчкина, но это уже результат поздней орфографической путаницы, когда в документах безударный «е» заменяли на «ё» на слух.

Спорных версий у этой фамилии почти нет: корень прозрачен, а попытки связать её с тюркским «чуш» (мусор, сор) или с финно-угорскими основами выглядят натяжкой — слишком далеко и по звучанию, и по ареалу распространения. Перед нами чисто русский, бытовой случай, когда фамилия сохранила не только профессию или имя предка, но и его шутливое, а иногда и обидное уличное прозвище, которое со временем перестало резать слух и стало обычным родовым именем.