Фамилия Чустугешев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — топоним Чустугеш или Чусту-Геш. Скорее всего, это название местности в Горном Алтае или на юге Хакасии, где встречаются похожие по звучанию урочища и речки. В таком случае фамилия образована по простой модели: название места + фамильный суффикс -ев (вариант -ов после шипящих). Носитель фамилии — выходец из урочища Чустугеш.

Словообразовательный разбор показывает два корня: «чусту» и «геш». В тюркских языках Южной Сибири «чусту» может означать «с быстрым течением» или «шумный» (от «чус» — быстрый, стремительный). «Геш» (или «кеш») — распространённый топоформант со значением «река», «вода», «ручей». Вместе — «быстрая река» или «шумный ручей». Человек, живший у такого ручья, получал прозвище Чустугеш, а его дети становились Чустугешевыми.

Менее вероятная, но допустимая версия — от личного имени Чустугеш. В алтайской антропонимии встречаются имена-обереги, образованные от названий местных духов или природных явлений, но для этого корня надёжных параллелей нет. Версия о связи с чувашским или татарским «чусту» (ложка, черпак) выглядит натянутой — суффикс -геш в таком значении не фиксируется.

Фамилия почти не встречается за пределами Республики Алтай и прилегающих районов Кемеровской области. По данным открытых источников, единичные носители живут в Горно-Алтайске и селах Онгудайского района. Суффикс -ев вместо более ожидаемого -ин для тюркских основ указывает, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции XIX века, когда писарь записывал прозвище по образцу русских фамилий на -ев.

Если у вас фамилия Чустугешев, скорее всего, ваши предки — коренные жители Алтая, охотники или скотоводы, чей род пошёл от человека, жившего у шумного ручья. Других значений у фамилии нет, и это тот случай, когда этимология прозрачна настолько, насколько это вообще возможно для редкой фамилии.