Фамилия Даноилы — редкая и необычная для русского уха, и её происхождение неочевидно. Если отбросить версию о случайном искажении или заимствовании, наиболее вероятным выглядит греческий след. В основе фамилии лежит личное имя Даниил (в греческом произношении — Дани́илос), но с характерным для некоторых южнославянских и греческих фамилий окончанием -илы. Суффикс -илы встречается в болгарских, македонских и греческих фамилиях, образованных от имён (например, Георгилы, Михаилы). Таким образом, Даноилы — это «потомок Даниила», где исходное имя прошло через сокращение (Дано- вместо Дани-), а затем оформилось по модели, распространённой на Балканах.

Словообразовательная модель здесь не русская. В русской традиции фамилии на -илы практически не встречаются: для восточных славян типичны суффиксы -ов, -ин, -ский. Фамилия Даноилы могла попасть в Россию вместе с переселенцами из балканских регионов — например, с греками или болгарами, которые селились в Новороссии, на Кубани или в причерноморских городах в XVIII–XIX веках. В греческой среде имя Дани́илос было распространено, и его усечённая форма Дано́с (отсюда Даноилы) — не редкость.

Менее вероятна, но возможна версия, что фамилия имеет молдавское или румынское происхождение. В румынском языке суффикс -ilă (читается как «-ила») образует фамилии от имён: Данилэ — Данилэску, но форма Даноилы могла возникнуть как вариант. Однако написание через «ы» на конце твёрдо указывает на адаптацию в русской или славянской среде, где окончание -ы закрепилось по аналогии с фамилиями типа Болдыревы или Глинины.

Социальный контекст: носители фамилии Даноилы, скорее всего, не принадлежали к дворянству — такие модели чаще встречались у крестьян, ремесленников или священнослужителей (греческое духовенство нередко носило фамилии на -илы). В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться с вариациями: Даноилов, Даноила, Даноилы — из-за нестандартного для русского языка окончания.

Фамилия крайне редка, и в современных базах данных носителей можно пересчитать по пальцам. Её главная ценность — в указании на миграционный или этнический след: предки могли быть греками-понтийцами, македонцами или болгарами, сохранившими фамилию в исходной балканской форме.