Фамилия Деньян — редкий случай в русской ономастике, где на первый план выходит не суффикс или основа, а само звучание, которое выбивается из привычного ряда на -ов, -ин или -ский. В ней нет типичного патронимического окончания, указывающего на отца (чей сын?). Это сразу наводит на мысль, что перед нами не исконно русская фамилия, а скорее адаптированная иноязычная или искусственная.

Самая вероятная версия связывает Деньян с французской фамилией Daignan или Denian. В Россию такие фамилии могли попасть двумя путями: через дворян-эмигрантов после Великой французской революции или, что более массово, через пленных французов войны 1812 года и гувернёров. Русское ухо переделало французское произношение в более удобное «Деньян», а церковная или канцелярская запись закрепила написание. В пользу этой гипотезы говорит и отсутствие русского суффикса: если бы фамилию образовали на русской почве от прозвища Денья, добавили бы -ов (Деньянов).

Менее вероятно, но возможно и польское происхождение. В польском языке есть фамилия Dębian (от dąb — дуб), которая при русификации могла потерять носовой звук и превратиться в Деньян. Однако польские фамилии чаще заканчивались на -ский или -ович, а форма Деньян для них нехарактерна.

Внутри России фамилия не привязана к конкретному региону и встречается точечно. Если отбросить иностранную версию, остаётся предположить, что это искусственная семинарская фамилия. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали звучные, «латинские» или «греческие» фамилии, образованные от календарных имён. Деньян могло возникнуть как искажение имени Дионисий (в бытовой форме Денис) через латинское Dionysius: корень Deni- плюс окончание -ан. Такая фамилия означала бы «принадлежащий Дионисию» и отличала бы семинариста от однокурсников с фамилией Денисов.

Кем были предки Деньянов, сказать сложно из-за редкости фамилии. Если верна французская версия — скорее всего, обрусевшие дворяне или военные. Если семинарская — потомки священнослужителей. Третий, самый прозаичный вариант: фамилия могла возникнуть из-за ошибки писаря при записи более распространённой фамилии (например, Демьян или Деньянов), и тогда никакого особого значения у неё нет — просто описка, закрепившаяся в документе.