Фамилия Депаниоти — одна из тех, чьё происхождение лежит не в русской, а в греческой ономастике, и в России она появилась вместе с переселенцами из Понта или Эпира. Её основа — греческое личное имя Панайотис (Παναγιώτης), что буквально переводится как «всесвятой» и является эпитетом Богородицы. Формант -оти в конце — типичный греческий патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: Депаниоти означает «из рода Панайотиса» или «сын Панайотиса».

Приставка Де- в данном случае — не французская частица, а стяжённая форма греческого определённого артикля или предлога, часто встречающаяся в фамилиях понтийских греков. Она может указывать на происхождение из определённой местности или просто служить соединительным элементом. Таким образом, Депаниоти — это фамилия-патроним, построенная по модели «артикль + имя + суффикс принадлежности».

В России эта фамилия редкая и, скорее всего, связана с греческими общинами Юга — Приазовья, Крыма или Одессы, куда греки переселялись в XVIII–XIX веках. Встречаются варианты написания: Депаниотти, Паниоти, Дипаниоти — но форма с Де- и одной «т» наиболее устойчива. Носители такой фамилии, как правило, потомки людей, чьих предков крестили в честь Панагии (Богородицы), а сама фамилия закрепилась при записи в метрические книги уже на русской территории.

Социальный состав предков мог быть разным: от торговцев и ремесленников до священнослужителей, поскольку имя Панайотис было одним из самых распространённых в греческой среде. Сейчас фамилия Депаниоти встречается не только в России, но и в Греции, на Кипре и в диаспоре, сохраняя прозрачную этимологию.