Фамилия Депутатов — одна из тех, где основа ясна, а вот механизм её возникновения допускает разные толкования. В основе лежит слово «депутат», но в XVII–XIX веках у него не было сегодняшнего парламентского значения. Депутатом называли выборного или назначенного поверенного: от правительства или от крестьянской общины. Такой человек мог наблюдать за ходом дела, приносить просьбу, благодарность или поздравление — по сути, он был ходатаем и представителем. Поэтому вполне вероятно, что первый носитель прозвища Депутат сам выполнял эти обязанности, и фамилия закрепилась за его детьми по отцу: сын Депутата — Депутатов.

Но есть и другая, не менее правдоподобная версия, связанная с крепостным правом. Фамилию Депутатов мог получить не сын депутата, а его работник, батрак или крепостной. При переписи или регистрации такого человека записывали как «депутатов» — то есть принадлежащего депутату, его собственность. В русской ономастике такой способ образования фамилий (по имени или прозвищу владельца) встречается часто: ср. Бояринов, Князев, Попов. В этом случае фамилия указывает не на занятие предка, а на его социальный статус — он был чьим-то человеком.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Ударение падает на последний слог — Депута́тов, что тоже стандартно для фамилий этого типа. Географически фамилия редкая, встречается разрозненно, без выраженного «гнезда» в одном регионе, что косвенно подтверждает её позднее происхождение — скорее всего, не раньше XVIII века. Сравните с однокоренными: Депутатский (встречается ещё реже), Депутатович (единичные случаи). Основная масса носителей — русские, хотя в советское время фамилия могла возникать и как искусственная, от должности в местных советах, но это уже вторичный, более поздний слой.