Фамилия Диджионис — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно не славянского происхождения, и её разбор требует выхода за рамки привычных моделей на -ов, -ин или -ский. В основе, скорее всего, лежит греческая фамилия Διτζιώνης (Дзидзёнис) или её вариант, записанный латиницей и затем переданный кириллицей через двойное «дж». Первичное написание могло выглядеть как Didzionis или Ditzionis.

Ключ к пониманию — суффикс -онис (-ώνης). В греческом языке это типичный патронимический суффикс, указывающий на происхождение от отца или предка. Он соответствует русскому «сын такого-то» или польскому -ович. Корень же, вероятно, восходит к личному имени или прозвищу. Наиболее правдоподобная версия — от греческого имени Διγενής (Дигенис), что означает «двуродный» (от слов «ди» — два и «генос» — род). В византийской и новогреческой традиции это имя было известно по эпической поэме «Дигенис Акрит», герой которой был сыном византийца и арабской княжны. Таким образом, Диджионис мог означать «потомок Дигениса» или «сын двуродного».

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с итальянским или латинским корнем. В итальянском есть слово «digione» (голодающий, постящийся), но переход в греческую модель с -онис маловероятен. Также можно предположить связь с греческим топонимом или названием профессии, но чётких параллелей нет.

В России и странах бывшего СССР фамилия Диджионис встречается единично, преимущественно у потомков греческих переселенцев. Массовое переселение греков в Российскую империю происходило в XVIII–XIX веках — из Анатолии, Понта и Восточной Фракии. Носители фамилии могли осесть на Кубани, в Крыму, Приазовье или в городах Закавказья, где существовали крупные греческие общины. Фонетика фамилии (твёрдое «дж», нехарактерное для славянских языков) указывает на её запись «на слух» русскими чиновниками при оформлении документов, что и закрепило редкое сочетание букв.