Фамилия Диджонис — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не русское, а литовское или жемайтское. Строение фамилии сразу выдаёт иноязычную основу: суффикс -ис характерен для литовских фамилий мужского рода в именительном падеже (ср. Будрис, Казлаускас, Сабонис). В русской среде такие фамилии либо оставляли без изменений, либо русифицировали, отсекая окончание, но Диджонис сохранил исходную форму.

Корень фамилии — Дидж- — восходит, скорее всего, к литовскому личному имени или прозвищу. Наиболее правдоподобная версия: основа didži- от литовского didžias — «великий», «большой». В литовской антропонимии есть фамилии Диджюлис, Диджёнис, образованные от той же основы. Суффикс -он- (-onis) в литовском языке часто указывает на принадлежность или происхождение: Диджонис буквально значит «сын (или потомок) Великого» или «относящийся к Великому». Вторая, менее вероятная версия — связь с фамилией Диджюс (от didžiūnas* — «вельможа», «знатный человек»), но тогда форма была бы иной.

В историческом контексте носители фамилии Диджонис — это скорее всего крестьяне или мелкие шляхтичи Великого княжества Литовского, говорившие на литовском или западнорусском (старобелорусском) языке. После разделов Речи Посполитой такие фамилии оказались на территории Российской империи, где их записывали в метрики и ревизские сказки в том виде, в каком слышали, — отсюда возможные варианты написания: Диджонис, Диджонис, реже Диджонис. Встретить эту фамилию сегодня можно в Литве, на северо-западе Беларуси и среди потомков литовских переселенцев в России.

Единственная деталь, которая выделяет Диджонис среди похожих фамилий, — это сочетание редкого для русского уха корня дидж- и окончания -ис. В русском языке нет исконных слов с таким звуковым рядом, поэтому для носителя русского языка фамилия звучит как явный «литовизм». Если предки Диджониса жили в XIX веке на территории современной Литвы, их фамилия могла быть записана в польском варианте (Dydżonis) или в латинской транскрипции (Didžionis), что иногда путает исследователей.