Фамилия Диперштейн — яркий пример ашкеназской фамилии, образованной по модели, распространённой среди еврейского населения Восточной Европы. Её основа — немецкий топоним или искусственно сконструированное название, типичное для фамилий, которые массово присваивались в Австрийской и Российской империях в конце XVIII — XIX веке.

Первый элемент, «Дипер», скорее всего, восходит к немецкому слову Dieb (вор) или tief (глубокий). Второй, «-штейн» (от нем. Stein — камень), — один из самых частых компонентов в немецких и еврейских фамилиях, указывающий на место жительства (например, у скалы или каменного строения). Таким образом, буквальное значение — «воровской камень» или «глубокий камень». Однако вряд ли предок был вором: такие фамилии часто давались по названию местности, где жила семья, или были искусственно составлены чиновниками из двух немецких корней для создания звучной и запоминающейся фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: Дипер — вариант фамилии Диппер (от Dipper — ныряльщик, или от названия профессии, связанной с окрашиванием тканей). Но суффикс «-штейн» не типичен для профессиональных фамилий — он почти всегда топонимический.

Географически фамилия Диперштейн встречается в документах XIX — начала XX века в черте оседлости: на территории современной Украины, Беларуси, а также в Царстве Польском. Носители, скорее всего, были мещанами или купцами, реже — раввинами. В отличие от патронимических фамилий на «-ович» или «-сон», эта модель указывает на связь с местом, а не с именем отца.

В современной России и странах бывшего СССР фамилия редкая. Её уникальность — в том, что она сохранила немецкое написание без русификации (не превратилась в «Диперов» или «Диперштейнов»), что говорит о позднем закреплении в официальных документах уже в императорский период.