Фамилия Домуховский — русская запись белорусской фамилии Дамухоўскі. В её основе лежит имя Дамук, которое в Беларуси служило разговорной формой католического имени Доминик. Латинское Dominicus означает «господний», «тот, кто принадлежит господу». Суффикс -овск-/-евск- типичен для шляхетских фамилий Речи Посполитой: он указывал на владельческую принадлежность (буквально «из поместья Дамука» или «потомок Дамука»). В Российской империи такие фамилии часто закреплялись за дворянскими родами.

Род Домуховских был внесён в шестую часть родословных книг дворян Смоленской губернии — в неё попадали семьи, чьё благородное происхождение насчитывало более ста лет. Это значит, что предки носителей фамилии владели землями и людьми ещё до раздела Речи Посполитой. В Памятных книгах Смоленской области встречаются сведения о представителях рода: Борис Андреевич Домуховский родился в 1895 году в селе Баюцкое Каснинского района, а Николай Андреевич Домуховский — в 1897 году в Минске. Оба носили отчество Андреевич, что позволяет предположить наличие у семьи крепких корней в смоленском регионе, хотя Минск указывает на более широкую географию рода.

В написании через «о» (Домуховский) фамилия закрепилась в русских документах, тогда как в белорусском языке закономерно звучит «Дамухоўскі» — с аканьем и твёрдым «ў». Это типичный случай, когда одна фамилия существует в двух орфографических вариантах в зависимости от языка записи.