Фамилия Дубоненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в казацкой среде и среди крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький» или «сын кого-то», то есть Дубоненко — это «сын Дубона» или «потомок Дубона». Сама основа фамилии — прозвище Дубон, которое, скорее всего, связано со словом «дуб». Но не в значении дерева как такового, а как характеристика человека: крепкого, выносливого, упрямого или простоватого, «дубоватого».

В украинской ономастике прозвища от «дуба» — одни из самых частых. Однако форма Дубон выделяется на фоне более привычных Дуб, Дубок или Дубец. Ударение в фамилии, по логике словообразования, падает на второй слог: Дубонéнко. Интересно, что в русском языке при адаптации фамилии ударение нередко смещается на первый слог (Дýбоненко), что меняет её звучание, но не происхождение.

Версия о том, что в основе лежит географическое название (например, село Дубон или речка Дубона), маловероятна — на картах Восточной Европы такие топонимы не фиксируются. Также не стоит искать здесь польский корень «dąb» (дуб) с суффиксом -on: украинская форма Дубон — это скорее экспрессивное прозвище, образованное с помощью суффикса -он, который в украинском языке придаёт слову оттенок грубоватости или шутливости (ср. «зубон» от «зуб»).

Фамилия Дубоненко почти не встречается за пределами Украины и приграничных областей России. По данным современных переписей, наибольшая концентрация носителей — в Черкасской, Полтавской и Киевской областях. Это как раз территория бывшей Гетманщины, где фамилии на -енко были нормой для всех сословий, от казацкой старшины до рядовых селян. Социальный статус первых Дубоненко, скорее всего, был невысок: прозвище Дубон вряд ли дали бы уважаемому шляхтичу или богатому купцу. Скорее всего, предок был простым крестьянином или казаком, которого за силу или упрямство прозвали Дубо́ном, а его дети уже стали Дубоненко.