Фамилия Дубонина — одна из тех, где женская форма оказалась заметно распространённее мужской, хотя по правилам русского языка обе равноправны. Мужской вариант — Дубонин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Дуб, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — дубонин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Дубо́ня.

Разберём модель. Суффикс -оня в русских прозвищах — уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный, как в словах «тихоня», «сладконя». Дубо́ня — это не «маленький дуб», а скорее «дубоватый человек»: крепкий, простоватый, упрямый или медлительный. В северных и центральных говорах «дубина», «дуб» — устойчивая характеристика для человека несговорчивого или физически мощного. Фамилия образована именно от такой бытовой клички, а не от дерева напрямую.

Географически фамилия тяготеет к средней полосе России и Поволжью. Встречается в архивах Нижегородской, Костромской, Владимирской губерний. В документах XVII–XVIII веков попадаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Дуб, Дубина, Дубо́ня — от них и пошли Дубонины. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.

Интересная деталь: у фамилии есть близкая пара — Дубонин и Дубинин. Обе образованы от одних корней, но разными суффиксами. Дубинин — от «дубина», Дубонин — от «дуб» с тем же -оня. В некоторых говорах формы смешивались, поэтому не исключено, что часть Дубониных исторически — те же Дубинины, чьё прозвище записали на местный манер.