Фамилия Дубонис — редкий случай, когда славянская основа и балтийский суффикс встретились в одной словообразовательной модели. В отличие от более привычных русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ис выдает литовское или латышское влияние. Это типичный патроним (фамилия по отцу или предку), где суффикс -онис (в русской передаче -онис, -уонис) указывал на принадлежность: буквально «сын такого-то» или «из рода такого-то». В Литве и Латгалии такие фамилии массово закрепились в XIX веке, когда крестьянам давали официальные фамилии по именам или прозвищам.

Основа «Дуб-» здесь прозрачна: от слова «дуб». Но Дубонис — не «дубовый» в прямом смысле. Скорее всего, это прозвище человека, которого в округе называли Дубом — за крепость, упрямство, медлительность или просто за то, что жил возле заметного дуба. В балтийской антропонимике прозвища от деревьев (Ābols — яблоня, Bērzs — береза, Ozols — дуб) встречаются часто, и Дубонис — русская запись литовского ąžuolas или латышского ozols, адаптированная через суффикс.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: современная Литва, Латгалия, а также территории, где жили литовцы и латыши под властью Речи Посполитой или Российской империи. В России Дубонисы встречаются редко, в основном в результате миграций XIX–XX веков. Сословно — почти наверняка крестьянский род, без дворянских корней: балтийские патронимы на -онис редко встречались среди знати.

Спорных версий немного. Иногда пытаются вывести Дубонис от личного имени Ду́ба (уменьшительное от Доброслав или Дубыня), но это натяжка: в балтийских языках суффикс -onis присоединялся именно к прозвищам, а не к календарным именам. Более правдоподобно, что основа — чисто нарицательная, без имени-посредника. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Дубонин или Дубов, но суффикс -ис выдает иное происхождение.

Для носителя фамилии Дубонис ключевая подсказка — не искать корни в древнерусских боярских родах, а смотреть в сторону западных губерний и литовских метрик. Фамилия не древняя (в нынешнем виде ей около 150–200 лет), но сохранила четкую связь с природным образом, который мог дать прозвище предку.