Фамилия Дубанис — редкий пример, где литовский корень встретился с восточнославянской фамильной моделью. В основе лежит литовское слово dubus — «глубокий», либо dubė — «яма, лощина, овраг». Прозвище Дубанис могли дать человеку, жившему в низине или у глубокого оврага, или тому, кто отличался глубоким, вдумчивым складом ума (переносное значение «глубокий» в балтских языках применялось и к характеру).

Словообразовательный строй здесь необычен для русского уха. Фамилия заканчивается на -ис, что типично для литовских фамилий мужского рода (ср. Будрис, Каунис). В русской среде такое окончание воспринималось как «несклоняемое» или «иноязычное», и фамилию часто русифицировали, отсекая -ис: так появились варианты Дубанов, Дубанин или просто Дубан. Но в польской и западно-белорусской традиции, наоборот, могли сохранять литовский суффикс -ис, а фамилию склонять по образцу польских фамилий на -ич.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу современной Беларуси и юго-востоку Литвы — региону, где веками жили смешанные литовско-славянские семьи. В метриках XIX века Дубанисы встречаются в Виленской и Ковенской губерниях, реже — в Гродненской. Социально это были в основном крестьяне-землепашцы или мелкие шляхтичи, которые носили литовские прозвища, но уже говорили по-польски или по-белорусски.

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию от славянского корня «дуб» с суффиксом -ан- (Дубан → Дубанис). Но тогда ожидалось бы окончание -ов или -ин, а не -ис. Поэтому балтское происхождение убедительнее: литовская основа dub- даёт более точное объяснение и редкому суффиксу, и географии фамилии.